本殿は江戸時代初期の1672年（寛文12年）、拝殿は1671年（寛文11年）再建であり、ともに重要文化財に指定されています。また、楼門は1723年（享保8年）再建であり、美濃市指定文化財です。大矢田神社一帯の楓谷は、約3000本のヤマモミジの原生林があり、樹齢1000年以上の古木もあります。1930年（昭和5年）、楓谷のヤマモミジ樹林として国の天然記念物に指定されています